孙思邈提倡“天人合一”，强调了自然界与人体的内在联系。他认为，人应该顺应自然规律，通过观察自然现象来学习医学。例如，他曾经用自己的眼睛观察月亮变大和变小对人的影响，从而推断出月亮周期性变化可能会引起人的身体状况波动。这一点显示出了孙思邈非常重视理论与实践相结合的医学思想。

孙思邈主张“药物治疗要以人为本”，他认为每个人都是独一无二的，不同的人需要不同的治疗方法。他强调了个体差异在疾病诊治中的重要性，并提出了一系列针对不同体质和症状的医疗方案。在他的著作中，可以找到许多针对特定病症以及适宜患者群体的具体治疗建议，这些都反映了孙思邈深刻理解到没有一种绝对普遍适用的医疗方案。

孙思邈还提出了“养生之道”，他认为养生不仅仅是为了延长生命，更重要的是要使生命质量得到提升。他的养生学说包含了饮食、锻炼、情绪管理等方面。他鼓励人们保持良好的生活习惯，如均衡饮食、适量运动、避免过度劳累和情绪压力，以达到健康长寿。

在《千金要方》中，孙思邈收集并整理了一批有效验的小偏方和秘方，这些都是基于他多年的临床经验得出的结论。这些方剂往往具有较高的疗效，而且很多都是根据实际情况灵活调整制备出来的，这种随机应变的手法在当时来说颇具创新意义。

孙思邈对于疾病发生有着独到的见解，他提倡“预防胜于治疗”。他指出许多疾病是由生活方式所致，因此强调预防措施至关重要。他建议人们注重环境卫生，对付细菌感染采用一些简单的手段，比如使用蒸汽熏蒸或其他清洁方法，以此来减少传染源。这样的看法已经超越了当时时代，为后来的公共卫生工作奠定了基础。